在人工育苗期间，扇贝幼虫很容易感染细菌和真菌，引起大批死亡。
细菌病常见的有弧菌，有一种鳗弧菌专营分解有机体，在很短的时间内使幼体面盘分解，这种病状特别是在采卵后的5～7天内发生，蔓延极快，6～8小时能致死全部幼虫。目前这种病原细菌引起的疾病一旦发现尚无治疗的方案，只能预防。预防方法：增强亲贝育肥时的体质，每天倒池育肥，彻底清除细菌病原地，幼虫培育时勤倒池（3天倒池一次），倒池后用高锰酸钾，消毒清理池底。
其次为假单胞杆菌属和气单胞杆菌，这些细菌平时蕴藏在海水、底泥、池底污染物，动物的体表或消化道内都可能找到，条件一旦适宜便大量繁殖侵入扇贝幼虫或稚贝的组织中成为致病菌。受感染的幼虫下沉至池底，面盘纤毛短缺不齐，活动能力减弱，不久就大批死亡。在显微镜下可见幼虫组织内发现溃疡甚至分解。此病治疗效果不显著，预防方法：清除培育池底代谢物及残饵，防止引起细菌繁殖。
在幼虫培育时常有一种霉菌和真菌感染幼体足肌部分，这种病情常在幼虫壳长168微米后发现，病菌感染缓慢，在显微镜下很清楚见到幼体生长发育时壳长、壳高不断增长，内部器官也正常发育，但足肌特别是足蹠部分开始溃烂，失去爬行功能，在眼点幼虫后期，出现几率高，面盘开始萎缩退化，而足肌溃烂，使幼虫下沉死亡。
目前对于海水中的细菌处理尚无很好办法，采取预防的措施是主要的，经常彻底清理池底，消毒池底，勤倒池，除此之外最有效的办法是用紫外线消毒海水。
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